Se puede controlar la contaminación del agua causada por la descarga de efluentes o el escurrimiento proveniente de las pilas de desechos, si el monitoreo es adecuado. El diseño del proyecto debe contemplar las siguientes opciones, con respecto al tratamiento de las aguas servidas y de enjuague:
- reutilización de las aguas servidas;
- intercambio iónico o filtración de membrana (plantas de ácido fosfórico);
- neutralización de las aguas servidas ácidas o alcalinas;
- sedimentación, floculación y filtración de los sólidos suspendidos;
- uso de las aguas servidas para riego;
- tratamiento biológico (nutrificación-desnutrificación).